Questa fu costruita nel IV o V secolo. Il Titulus di Aquila e Prisca fu registrato negli atti del sinodo del 499 e, secondo la tradizione, si tratterebbe del più antico culto cristiano dell'Aventino, legato all'ospitalità ricevuta da san Pietro e san Paolo. Danneggiata dai Normanni nel sacco di Roma (1084), la chiesa fu restaurata molte volte. L'aspetto attuale è quello del restauro del 1660, che creò, fra le altre cose, anche una nuova facciata. Tra i cardinali titolari del Titulus S. Priscae ci fu Angelo Roncalli (1953), il futuro papa Giovanni XXIII.
a facciata della chiesa, in mattoncini, è stretta fra il convento, a sinistra, e l'ala della sagrestia, a destra, che, in origine, era una delle due navate laterali. Sopra il portale vi è un protiro con timpano triangolare sorretto da due colonne corinzie e, più in alto, il caratteristico rosone ovale.
All'interno, l'unico elemento che rimane della chiesa antica sono le colonne, seppur inglobate allo scopo di consolidare la struttura nei pilastri che dividono le tre navate. Per la stessa ragione le navatelle laterali furono trasformate in ambulacri ad archi rinforzati da murature trasversali. Nella prima cappella di sinistra si trova il fonte battesimale, costituito da un antico capitello romano riadattato sormontato da una statuetta in stile moderno raffigurante il Battesimo di Gesù; secondo la tradizione, esso fu utilizzato per battezzare da san Pietro.
La navata centrale è coperta con soffitto a cassettoni lignei e, al disopra delle arcate che danno sulle navate laterali, vi sono degli affreschi raffiguranti Apostoli, Angeli e Santi; essi furono realizzati dal pittore fiorentino Anastasio Fontebuoni (1571-1626) nell'anno 1600. Allo stesso pittore si devono anche gli affreschi del presbiterio, che rivelano l'esistenza di una volta, poi demolita. Essi raffigurano Il Martirio di Santa Prisca e Il trasporto delle reliquie di Santa Prisca. Dell'artista fiorentino è anche la complessa decorazione pittorica dell'abside, mentre la pala dell'altar maggiore raffigurante San Pietro che battezza Santa Prisca è del tavarnellino Domenico Cresti, detto il Passignano(1559–1638) ed è stata realizzata nel 1600 ca.
